穿越西元3000后》讲述的是一位生活在西元2011年的少女叶冰瑶（女主）在一次学校露营时，好友小桔发现一个山洞中好像闪出丝丝绿光便准备去看看，但在找不到男生陪同前去时，瑶瑶毅然决定两人前去。

在到了山洞后，发现有什么转动起来了，瑶瑶在小桔的尖叫中失去了意识。

醒来时发现自己掉在了一个不认识的地方，在意识到自己穿越后，她竟然发现自己是裸体！而且面前还有一位面无表情手拿着枪的神秘帅哥！神秘帅哥（葳斯基:男主)将瑶瑶当成了火星来的机器人，并叫属下控制她的行动，瑶瑶在机器手中再一次失去了意识。

当她又一次醒来时，发现自己已被控制，而那位神秘帅哥正拿着电锯，准备将她解剖，以证明她是机器人。

就在这时一个很温和的帅哥博士（离博士）出现了，以要调查瑶瑶为由，叫葳斯基不要贸然行动。

瑶瑶的小命总算保下来了……