末日战神终于被击败，延羽一众人欢喜不已，以为一切将恢复原状之时，却发现‘中枢计算机’并未被停止，源源不断的机械能量侵袭整个世界，无数动、植物被逐渐机械化，四处破坏，五大城市秩序大乱！

无计可施的延羽众人收到博士们的指示，能停止‘中枢计算机’的唯一办法竟然是含有陨石能量的机甲召唤器！经过一番痛苦挣扎，五人终于明白机甲兽神最终的使命是守护这个世界，五人决定忍痛挥别机甲！

五人最后一次召唤出机甲，同时撞向‘中枢计算机’，却不料力量仍不够，眼看即将被‘中枢计算机’能量反吞噬之际，向荣突然出现，并将末日战神召唤出来！集合着六辆机甲的力量终于将‘中枢计算机’毁掉！

机械化能量渐渐消散，世界再次恢复原貌。

延羽六人各自回到了自己的家乡过上了和平安定的生活。就在此时，嘉静、凌义、希阳、基洛四人突然收到了延羽的紧急集合通知，原来是延博士发明了一系列机甲模型，机甲兽神将再次陪伴在延羽六人身边！