火影故事的起源简单的说就是外星人大筒木辉夜和神树，在大筒木刚来到地球时，只有白眼，这双眼睛在形态和能力上都和写轮眼有显著差异。神树结出果实后，被辉夜吃掉，然后她的额头上长出了红色的九勾玉轮回眼，注意，这颗独眼的形态和后来火影正传后期出现的十尾的眼睛以及神树的花心是非常近似的。那么可以理解为，写轮眼来自神树，详细的说就是神树的能量和遗传物质在大筒木这个外星人身上表达形成的寄生体。辉夜所吃掉的神树果实中包含了决定神树的生命力和精神力的两部分基因，而这两部分基因在辉夜吃掉果实之后和辉夜自身的遗传物质发生了融合。后来辉夜和人类婚配产子，神树的基因遗传了给了长子大筒木羽衣（这个神树的基因在哥哥身上表现为白色的无勾玉轮回眼），而自己具有白眼的基因遗传给了次子大筒木羽村。从兄弟二人后代的性状表现来看，哥哥的后代（千手和宇智波）不包含白眼，而弟弟的后代（日向）则没有写轮眼，说明神树的基因和白眼的基因在生下兄弟二人时就完全分离了。再后来，神树的基因在哥哥羽衣的两个儿子阿修罗和因陀罗身上继续分离成生命力量基因（木遁）和精神力量基因（写轮眼），到此宇智波一族写轮眼的由来分析完毕。

这里多说一句，由于生命能量和精神能量都是神树力量不完整的两部分，所以单凭宇智波一族自己的力量即使再怎么修炼换眼，也就至多达到永恒万花筒的境界，而万花筒写轮眼要进一步进化至轮回眼必需要千手一族的力量（初代火影的细胞）。